對于藥廠設(shè)計來說，實驗動物房的空調(diào)凈化系統(tǒng)要解決的兩個主要問題是:
防止交叉感染和臭氣的擴(kuò)散。為維持潔凈室室內(nèi)空氣的新鮮和清潔，需要向?qū)嶒瀯游锓克腿氪罅康目諝?/span>。維持室內(nèi)潔凈度主要是對室內(nèi)空氣中的微生物進(jìn)行控制維持；室內(nèi)空氣的新鮮主要是去除臭味。實驗動物設(shè)施的污染源，除微生物外，還有氨、硫化物等發(fā)臭物質(zhì)。惡臭的來源除動物排泄物本身外，還有因微生物作用引起二次變化的揮發(fā)物。一般說，動物的潔凈等級越低，動物房的臭氣濃度越大。動物的臭氣對同類動物影響不大，但會使其他動物感覺不適，而且，對正常的實驗和飼養(yǎng)工作有一定影響。因此，動物房應(yīng)盡可能保持空氣新鮮，一般要求氨濃度在14mg/m3以下。
我國《實驗動物環(huán)境及設(shè)施》中要求:在藥廠設(shè)計中，當(dāng)實驗動物設(shè)施采用亞屏障系統(tǒng)、屏障系統(tǒng)和隔離系統(tǒng)時，室內(nèi)換氣次數(shù)為10～20次/h。美國實驗動物房主要的參考標(biāo)準(zhǔn)ILAR指南和 ASHRAE手冊推薦的動物房換氣次數(shù)為10～15次/h。這一推薦值主要是基于對室內(nèi)氣味的控制要求，一般都超過維持室內(nèi)熱、濕平衡和空氣質(zhì)量中的其他參數(shù)所需的空氣量。實驗動物房室內(nèi)得熱量的一個重要因素是動物的發(fā)熱量。動物的發(fā)熱量與籠具的大?。匆饎游镞\(yùn)動量變化的因素）、活動狀況（包括進(jìn)食運(yùn)動睡眠等狀態(tài)）和動物大?。ㄍN動物因體重不同而引起的差異）有關(guān)所以，實驗動物的發(fā)熱量，如果作為設(shè)計參數(shù)提出是相當(dāng)困難的。實驗動物房的換氣量除維持室內(nèi)熱濕平衡外，還需要滿足維持室內(nèi)氣壓、氣流分布及空氣質(zhì)量的要求。通常依據(jù)室內(nèi)氣味控制要求確定的換氣次數(shù)，一般都能滿足其他空氣參數(shù)對換氣量的要求。
實驗動物房的臭氣也是腐蝕空調(diào)設(shè)備和建筑設(shè)施的主要因素。在藥廠設(shè)計中為防止發(fā)臭物質(zhì)的蓄積，實驗動物房的空調(diào)凈化系統(tǒng)一般采用全新風(fēng)方式。采用全新風(fēng)方式也有利于防止交叉?zhèn)鞲?。即使采用回風(fēng)（這種方式在實驗動物房的空調(diào)凈化系統(tǒng)中慎用），回風(fēng)必須經(jīng)過凈化處理，清除其中的微生物和臭氣，而且，新風(fēng)量應(yīng)占總風(fēng)量的50％以上，以大于總風(fēng)量的2/3為好。
由于實驗動物房的空氣處理系統(tǒng)一般采用全新風(fēng)方式。因此對于藥廠設(shè)計來說，原則上空氣處理系統(tǒng)應(yīng)設(shè)置熱回收設(shè)備，同時，安裝脫臭裝置，阻擋臭氣倒流，防止臭氣腐蝕空調(diào)系統(tǒng)。但由于實驗動物房排風(fēng)污染較嚴(yán)重，熱回收設(shè)備的價格有較貴，并占一定空間，所以，在實際工程中很少對能量進(jìn)行回收。