對于藥廠設計來說，實驗動物房設置空調凈化系統的目的是維持室內溫、濕度要求和保證室內空氣質量。由于實驗動物房內允許的相對濕度變化范圍較大，多數實驗動物房在一般情況下都能滿足要求。因此，大部分地區的實驗動物房可以不考慮濕度控制設備。但在我國北方地區，冬季室外空氣的含濕量較低，如無加濕裝置則可能滿足不了室內相對濕度的要求，需要在空調系統中設置干蒸汽加濕器或其他型式的加濕裝置。由于控濕費用較高，國內多數單位不單獨考慮控濕問題，而是通過日常的運行管理，使實驗動物房的室內相對濕度維持在一定的范圍之內。如實驗動物房的日常清洗，擦拭可以形成較大的散濕面積及散濕量。此外，實驗動物的正常生理活動也有一定量的產濕，如動物的小便等。這些產濕量可以改善室內的相對濕度，使實驗動物房滿足對濕度的要求。
在藥廠設計中，保持室內空氣質量是實驗動物房空調凈化系統的一個主要任務。潔凈度的控制可從三個方面著手:
1）污染源控制減少污染物發散量；
2）通風控制:利用干凈的空氣稀釋室內污染物的濃度；
3）凈化控制:濾除空氣中的污染物質。
實驗動物房需要控制的污染物主要是微生物及動物新陳代謝的產物等，它們來自動物本身。因此，對污染源的控制只能在一定范圍內起作用。所以實驗動物房的潔凈度控制應主要從通風控制和凈化控制考慮。
實驗動物房的空氣過濾系統，一般采用粗效、中效、高效三級過濾。過濾器一般不采用木框架。因為木框架經不起消毒，而且，易吸潮滋生細菌。過濾器的安裝方式、設計及施工應便于消毒和更新，而且，應保證其密封性。排風系統應格外注意排風口出風方向及位置，并宜安裝過濾器以防止室外空氣倒灌。為了減少對大氣的污染，排風需要進行脫臭處理。污染區的排風除根據情況選用中效過濾器或高效過濾器（HEPA）處理外，還應根據其危害程度采用殺菌燈高溫滅菌裝置或活性炭過濾器等雙重或三重措施。由于實驗動物房內的污染物會腐蝕排風或回風道，因此，風道材料宜選用玻璃鋼、聚氯乙烯板或其他防腐材料，而不宜選用金屬材料。
在藥廠設計中，當實驗動物設施采用屏障系統時，空調凈化系統的末端過濾器原則上應選用高效過濾器（HEPA）。實驗動物可能要在屏障系統中連續飼養幾年。即使在高效過濾器前設置粗、中效過濾器，高效過濾器的壽命仍有可能短于飼養時間。因此，應設計備用過濾器裝置和相應的連接管道，以便在飼養過程中通過切換方式來替換達到終阻力的高效空氣過濾器。
在藥廠設計中，當實驗動物設施采用亞屏障系統時，其空調系統與實驗動物設施采用屏障系統的空調凈化系統沒有明顯的區別。只是采用亞屏障系統時，其空調凈化系統的末級過濾器的效率可適當降低，如采用亞高效或高中效空氣過濾器。
在藥廠設計中，當實驗動物設施采用開放系統時，允許使用風機盤管處理回風。但再循環送風方式不僅容易滋生微生物，而且，會導致臭氣的傳播，使用效果不理想。