潔凈室工程不同于一般空調工程，它與不同學科、不同專業的關聯更加緊密。因此，不能用一般空調的設計方法來做凈化空調設計，應對相關學科、專業有較深的了解，應具備潔凈室建造的相關知識，才能真正搞好凈化空調的設計。
潔凈室的建造，通常是在土建框架主體結構營造的大空間內，采用符合要求的裝修材料，根據工藝要求進行分隔、裝修成滿足各種使用要求的潔凈室。潔凈室內的污染控制需凈化空調專業與自動控制專業共同完成。若是制藥企業的潔凈車間，還需要工藝管道及給水排水專業的配合，把藥品生產所需的去離子水及壓縮空氣送入潔凈室，把生產廢水排出潔凈室；若是醫院潔凈室手術部，還需要把氧氣、氮氣、二氧化碳、氧化亞氮等醫用氣體送入潔凈手術室。可見，潔凈室的建造，需要如下專業及工種共同配合來完成。
（1）土建專業 建造潔凈室的外圍護結構。
（2）特種裝修裝飾專業 這里所說的“特種”是指潔凈室的裝修裝飾不同于民用建筑，民用建筑注重裝飾環境的視覺效果及豐富多彩的、錯落有致的層次感。有歐式風格、中式風格等而潔凈室的裝修裝飾對材料要求極為嚴格:不產塵、不積塵、易清洗、耐腐蝕、耐消毒液擦洗，無接縫或少接縫（接縫應嚴密平整）。對裝修裝飾工藝要求更為嚴格，強調壁板平整，接縫嚴密且光滑、不許有凸凹造型所有陰角、陽角全部做成R＞50mm的圓弧角；窗戶應與墻面平齊，不應設置凸出墻面的踢腳；照明燈具應采用帶密閉罩的凈化燈吸頂安裝（縫隙應密封）；地面應采用不產塵材料整體制作，應平整、光滑、防滑、防靜電等。
（3）凈化空調專業通過凈化空調設備凈化風管及閥門附件等組成的凈化空調系統來控制室內溫度、濕度、潔凈度、風速、壓差及室內空氣品質等參數。
（4）自動控制及電氣專業負責潔凈室照明配線、動力配線、燈具、開關插座等器具的安裝；配合凈化空調專業，實現溫度、濕度、送風量、回風量、排風量、室內壓差等參數的自動控制。
（5）工藝管道專業通過管道設備及其附件把潔凈室所需要的各種氣體、液體按要求送入室內，輸配管道大多采用鍍鋅鋼管、不銹鋼管及銅管。在潔凈室內明裝的管道均要求采用不銹鋼管，其連接應采用氬弧焊與電焊配合的工藝。對于去離子水管道，還要求采用內外拋光的衛生級不銹鋼管。
綜上所述，潔凈室的建造是多專業、多工種、各專業及工種之間需要密切配合的一項系統工程。哪個環節出現問題，均會影響潔凈室的建造質量。