生物潔凈室主要應用于醫院手術室、病房、制藥廠、生物安全實驗室、畜禽舍等，下面筆者談下生物潔凈室的種類。
一、一般生物潔凈室
一般生物潔凈室主要控制有生命的微粒對操作對象的污染。其壁面材料應能經受各種滅菌劑的侵蝕，內部一般保持正壓。其應用領域有制藥企業、食品企業、疾病控制中心、醫療單位（潔凈手術室、制劑室、無菌配置室等、實驗動物房、相關的科研及教學實驗等。
二、生物安全實驗室
生物安全實驗室又稱生物安全潔凈室，除了要求控制有生命的微粒對操作對象的污染外，還要求控制具有潛在危害的操作對象對操作人員及周圍環境的污染。因此，在生物安全實驗室中壓差的控制更為重要，內部保持負壓。可用于細菌、病毒的分析研究及基因重組、疫苗制備等生物工程。
按氣流流型分類，潔凈室可分為單向流潔凈室（層流潔凈室、非單向流潔凈室（亂流潔凈室）、輻（矢）流潔凈室、混合流（局部單向流）潔凈室。