在制藥行業，中間體以及精細化工制造工業中，加工管道的不充分清洗經常是導致高水平殘留物的一個主要原因。這里主要列出了在清洗加工管道時可能遇到的各種問題。這不作為在線清洗系統過程中的一個設計指導，但是能夠強調出設計不當有可能導致不恰當的清洗。
這些問題可以被分為兩大類:一類與潔凈室管道設計相關，另一類與加工清洗參數有關。
（1）潔凈室管道設計
好的管道設計有一些基本的好的設計特征。當管道系統的清洗設計不恰當，辨認出最壞狀況是非常重要的，然后要修改管道或者是設計一套專用的SOP。
①死角
理想情況下，是要避免出現死角的。既然這是不可能的，所以嚴密檢查死角有兩個非常重要的方面:長度和方向。
死角的長度和管徑的比率影響著清洗效果。這個比率越小，越容易清洗。這個比率沒有一個可接受的普遍標準，因為他受好幾個因素的影響，包括:通過管道可達到的最小流速。不過，設計師在設計制藥清洗系統時，L/D比率一般不會超過1.5～2.0。
在超出這個比率的現存系統中，嚴密檢查這個區域能達到的流速及覆蓋范圍，驗證表面的清潔度是非常重要的。提高流速也是改進沖洗覆蓋范圍的一個方法。
如果清洗不充分，死角部分要被替換或者修改，死角將被單獨清洗，如使用手工清洗方式。現在也可以買到低L/D比率的衛生部件和T形管道。
一般來說，死角應該是水平走向的。向上直立的死角有可能會存留空氣和油類。這將會阻礙清洗劑與這些區域的充分接觸。向下的死角不能完全排掉污水，也會導致微粒和細菌的殘留。
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②向下傾斜。管道應當傾斜允許清洗劑及沖洗劑自由排出。如果這一步沒做好，清洗特別是沖洗過程的效率就會降低。排水功能非常重要，特別是在微生物容易滋生的地方。在這種情況下，管道應該被牢靠地支撐好，這樣，管道的傾斜就被維護好。典型的管道傾斜范圍從每英尺（305mm）1/16’’（1.6mm）到1/8’’（3.2mm）。
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③在線測試設備。測試設備采用可清洗的設計，有利于避免清洗的時候需要手動拆卸。這里對于各種可清洗測試設備的設計就不作一一討論。可清洗的設計將包含最小死角距離，消除缺口和凹陷；襯墊和O型圈的沖洗設計，應用可兼容和低吸收材料作為密封和隔膜材料。
（2）加工清洗參數
①流速。管道清洗不充分最重要、最常見的因素是清洗劑的流速不夠。眾所周知，影響清洗效果的因素包括清洗時間、溫度、清洗劑的成分和沖擊力（包括沖擊力或者表面的沖擊壓力）。因此，為了獲得成功的功效，在清洗產品殘留物時，所選用的溫度、時間和濃度應該基于最壞的情況或者是表面最低水平沖擊力或者在活動壓力的基礎上，要求表面反應壓力低于所要求的。這樣清洗效果將大打折扣。
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參數的量化和監測，比如時間、溫度和濃度都比較簡單然而，管道系統中位置的測定，特別是墻上作用力較低的地方，常常做得不好。
所推薦可取的管內的清洗劑的平均流速應當至少在1.5m/s（5in/s）。這是通常被接受的CIP系統的設計標準，這個高速是為了確保能夠去除系統中堵住的氣泡，而不是為了達到表面必要的沖擊力。1.5m/s的速度很典型地導致管內湍流，在流速不能達到的情況下，應嚴密檢查管道的布局、氣體和微粒的截流以及對流體特征。在最低要求下，管內流速應當形成湍流。此外，僅僅達到湍流的速度并不能導致死角內的氣體和微粒被清除。雷諾系數計算能夠用來辨別最壞情況水流位置并能決定這些區域的結果水流特征。
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在清洗大段管道時，比如說大容量的設備，壓力會下降，流速也會下降。因此，我們推薦測量每段管道的流速或通過計算證實足以達到要求。
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②溶液飽和度。一些被產品嚴重污染過的長管道，清洗溶液在上游溶解殘渣，在它達到管道系統下游的部分，溶液可能達到飽和。這可能導致下流部分管道清洗不干凈。當這種情況發生時，有必要用足夠高濃度的清洗液來清洗整個管道。在污染情況一般的管道里，這也不算個問題。
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為了達到一個較好的清洗效果，確保系統中所有潔凈室管道都與清洗劑充分接觸非常重要。清洗過的管道要清晰地分開標示。處理過的閥門應當避免用于防止滲漏閥帶來污染。如果這些管道的區域不能遵照衛生級和可清洗的標準，那么這些區域要么需要被修改，要么被分開來使用。
管內的流速應該不止是形成湍流，還要帶走堵住的氣體并能夠使清洗劑跟管內所有表面充分接觸。清洗劑的濃度、溫度和清洗時間也應當足夠，以清洗最壞情況下的殘渣和最壞情況下的可能的污垢負載。