空氣凈化系統運行確認的主要內容有:空調設備的測試，高效過濾器的風速及氣流流向測定，空調調試和空氣平衡，懸浮粒子和微生物的預測定。
（1）潔凈室施空調設備的測試
空調設備主要是指空調器和除濕機。
①空調器測試的項目:a.風機的轉速、電流、電壓；b.過濾器的壓差（初阻力）；c.冷凍水、熱水、蒸汽等介質的流量（沒有條件的可以不做）；d.盤管進出口壓力、溫度等。
②除濕器測試的項目:a.處理風機和再生風機的轉速、電流、電壓、風量；b.蒸汽的壓力或電加熱的功率；c.再生排放溫度。
（2）潔凈室施高效過濾器風速及氣流流向測定
高效過濾器的風速及氣流流向測定可與PAO試驗同時進行，并記錄在同一張表格上
①高效過濾器的使用風量可按其額定風量的60％～80％選定，風速乃指出口處的面風速，一般控制在≥0.35m/s以上。若風速小于0.35m/s，說明過濾器已堵塞，應及時調換。風速的測定及計算見下面關于風量測定的描述。
②高效過濾器的氣流流向主要用于層流工作臺及層流罩的測定，將煙筆（專用來測定氣流流向的煙霧）打開后放在高效過濾器的擴散板出口處，觀察其流向，有條件的可用照相機將其拍攝下來。亦可用掛絲法（單絲絲線或合成纖維）或測氣流用的量角器進行，但沒有煙霧法方便。
（3）潔凈室施懸浮粒子和微生物的預測定
潔凈室中的懸浮粒子及微生物數的預測定是為最終的環境評價作準備，以便在測定時發現問題及時解決；為空氣平衡及房間消毒方法的進一步改進提供依據，特別是有些企業其環境認可的檢測和報告是由外單位來完成的，預測定可以做到“心中有數”。
懸浮粒子的測定應在空調調試及空氣平衡完成后進行。微生物的測定應在懸浮粒子測定結束，房間消毒后進行。應當說明，懸浮粒子和微生物的預測定不是控制區環境驗證的必要步驟，各單位可根據實際情況取舍。