在食品工廠設計裝修中，潔凈室凈化空調系統通過對空氣的過濾處理，從而保證了所需要的潔凈度。生物潔凈室需要同時控制室內的塵埃粒子數及浮游菌和沉降菌，如果不采取必要的消毒措施，僅僅通過凈化空調系統的三級過濾處理，將難以長期控制室內的微生物數。
潔凈室凈化空調系統的二次微生物污染問題越來越受到廣泛的重視，空調處理裝置在運行中必然積累細菌和塵埃，一旦系統停止運行，高溫和高濕的環境將為微生物的繁殖提供很有利的條件，大量繁殖的微生物及其釋放出的有害物質、有害代謝物、尸體和碎片等很大一部分是過濾器無法阻擋的，這將造成微生物的二次污染。
同樣在潔凈室內由于人員的活動、物品的出入，凈化空調系統也不可能完全將所有的塵埃和微生物都帶出潔凈室，一部分微生物將會在潔凈室內繼續繁殖，造成污染。
而對于生物安全潔凈室而言，由于研究對象的高度危險性，防止實驗室內的工作人員和實驗室外的環境受到污染是一切工作的重點，凈化空調系統必須具有相應的消毒措施，才能保證操作維護人員的安全。
因此，凈化空調系統和潔凈室必須采取妥善的消毒措施和方法，才能保證生物潔凈室和生物安全潔凈室達到使用要求。
傳統的生物潔凈室通常采用化學試劑消毒，這種方法藥味大，難以自然排出，需要空調長時間置換新風。同時也存在二次污染的問題，剩余的藥物直接排入大氣，造成對周圍環境的污染。如甲醛熏蒸，操作麻煩，熏蒸時間長，有二次污染物，對人體有一定的危害。做一次甲熏蒸需8個小時，殘留物附著潔凈的墻壁上和設備的表面上，需要擦除。在消毒后的幾天內，其懸浮粒子數會增加，對高效過濾器有一定的損傷。更重要是的是這樣的消毒、滅菌方式難以對空氣處理裝置、排風高效過濾器（高等級生物安全潔凈室要求）和風管進行消毒。
近年來臭氧（O3）消毒法越來越多的得到了應用。科學研究表明，臭氧具有強烈的殺菌作用，臭氧在常溫、常壓下分子結構不穩定，很快自行分解成氧氣（O2）和單個氧原子（O）；后者具有很強的氧化性，對細菌有極強的氧化作用，臭氧氧化分解了細菌內部氧化葡萄糖所必須的酶，從而破壞其細胞膜，將它殺死，多余的氧原子則會自行重新結合成為普通氧原子（O2），不存在任何有毒殘留物，故稱無污染消毒劑，它不但對各種細菌（包括肝炎病毒，大腸桿菌，綠濃桿菌及雜菌等）有極強的殺滅能力，而且對殺死霉素也很有效。臭氧水比臭氧氣體具有更強的氧化能力，對細菌、孢囊、芽孢菌、病毒等有更強的殺滅能力，殺菌速度比氯快200～3000倍，甚至幾秒鐘內可以致死細菌。對單細胞的藻類植物殺滅更快。很多研究和驗證表明了其強大的殺菌能力。
臭氧消毒的特點為:
（1）較高的擴散性：臭氧為氣體，擴散性好，無死角，濃度分布均勻。
（2）殺菌能力強：臭氧殺菌能力與過氧乙酸相當，高于其它消毒劑。
（3）廣譜性：適合多種致病微生物，對大腸桿菌、沙門氏菌、金黃色葡萄球菌及甲乙型肝炎病毒、真菌等多種微生物均有很好的殺滅作用。
（4）原料易得：臭氧制備是利用我們周圍的大氣制取，不需儲藏設施，節省原料儲存所需的占地面積。
（5）環保性：臭氧能快速分解成氧氣和單原子氧，單原子氧又可自身結合成氧分子，故沒有二次污染的問題。被公認為是綠色消毒劑。
臭氧的殺菌效果在濕度為50-80％條件下效果最理想，這主要是病毒、細菌在高濕條件下細胞壁較疏松，易被臭氧穿透殺滅，在濕度低于30％時效果較差，所以在使用中應特別注意。根據《消毒技術規范》及實際應用經驗，三十萬級取2.55ppm（5mg/m3），萬級取5ppm（10mg/m3），萬級取15ppm（30mg/m3）、百級取20ppm（40mg/m3）。當然在使用中應根據潔凈室實際使用情況決定臭氧的濃度，并作相應的驗證工作。計算實際臭氧消毒體積時，應包括三部分V＝V1＋V2＋V3，V1潔凈區空間體積，V2空氣凈化系統體積，V3補充新風量造成臭氧損失的有效體積，實際計算過程中V3等于循環系統總風量的1.1％。