潔凈空調系統是靠過濾器來達到除塵目的的，對不同的潔凈度要求，過濾器的選用及個數不盡相同，但絕大多數的潔凈系統均應有粗效、中效、高效三級過濾，有些系統還有亞高效過濾器。過濾器的管理是保證室內空氣狀態的一個很重要的環節，必須引起管理者的高度重視。
對過濾器的管理主要是對過濾器的清潔及掌握過濾器更換的適當時機，為此需要用一些篇幅講述過濾器的阻力變化問題。
（1）過濾器的初阻力與終阻力
在潔凈空調系統運行的過程中，各級過濾器對氣流形成阻力，致使氣流中的塵粒粘附在過濾器的濾材上，隨著濾材逐漸積灰，會增加氣流的阻力，導致系統送風量的逐漸增少，其結果是減少潔凈室內的換氣次數，從而影響空內空氣潔凈度，當阻力大到一定程度時，室內潔凈度會超出設計要求，此時該過濾器應當報廢更換。
潔凈系統設計過程中，將新的過濾器所具有的阻力稱為“初阻力”，將應當報廢的過濾器阻力稱為“終阻力”。
所有過濾器都有初阻力，隨著通過流量的不同，其初阻力值是不同的，這一點可在過濾器特性曲線上看到。初阻力可分“額定初阻力”、“設計阻力”及“實際初阻力”三種。
1）額定初阻力：在額定風量下過濾器樣本或其特性曲線提供的初阻力。
2）設計初阻力：設計風量下的初阻力，可從過濾器特性曲線上查到。
3）實際初阻力：在系統調試運行時，實測到的過濾初阻力，可以通過測壓儀表獲得，也可以通過實測風量查特性曲線獲得。 理論上講，設計初阻力與實際初阻力應當一致，但實際過程中設計風量與實際風量不可能完全一致，存在一定的誤差范圍也是允許的，為此形成的過濾器初阻力誤差也是可以理解的。
終阻力的概念沒有初阻力那么實際與嚴格，它是一個人為設定數值。終阻力的選用也是經濟性與科學性綜合的結果，大多數靠經驗，終阻力取值高，意味著過濾器使用時間可延長，但很可能影響室內送風量；終阻力取值低，對潔凈系統的運行效果有保障，但過于頻繁地更換過濾器，不僅造成經濟上的浪費，又會影響潔凈室的使用，過去的潔凈廠房設計規范中將終阻力定為初阻的 2 倍，2001 年 11 月 13 日發布的《潔凈廠房設講規范》（GB50073——2001）對過濾器終阻力沒有硬性規定， 由設計人員自行確定。在醫院潔凈系統的設計過程中，還有一些特殊的情況：
與潔凈廠房不同， 醫院手術室由于本身占用的面積較小，其設計風量往往比潔凈廠房少得多，對于手術室與空調機組一對一配置的系統來說，相對我國現有的組合式空調機組的規格范圍會出現小風量與高風壓的選型矛盾；就其冷量要求而言，我舒適性空調相比，又會出現大風量與小焓差的矛盾；因此機組選型上有一定難度。彩變頻調速送風機是一種保證系統恒風量送風的辦法，但即使是變頻調速，風機的送風風壓變化范圍也不可能過大，因此筆者認為在醫院潔凈室特別是手術室過濾器終阻力定為初阻力 2 倍已經有一定難度了，大多數情況下可能還需將終阻力定得小一點，可以視風機選型情況調整，在終阻力的選擇上做一些文章，也是必要的。當然一般情況下，各級過濾器均小于額定風量運行，可解決一些風機風壓不夠的矛盾。
（2）過濾器的清潔及更換周
空氣過濾器的更換周期與終阻力的定值有關， 通常終阻力按初阻力的 2 倍取值，過濾器的更換周期有一些經驗數字：
（3）過濾器的檢修維護內容
1）檢查壓差計動作是否失靈，檢查壓差計計數是否超出過濾器阻力。
2）檢查濾材污染程度，檢查濾材有無變形或漏風。
3）檢查過濾器框架、連接管道等有無明顯漏風狀況。
4）檢查過濾器箱體污染程度，檢查箱體有無腐蝕。
5）檢查過濾器是否堵塞。
（4）更換過濾器操作注意事項
1）更換濾材時應停止系統運行。
2）更換下的濾材應包裝后按廢物處理，不得清理后重復使用。
3）更換濾材的同時對框架周圍等其他部件徹底清潔。
4）更換濾材時應輕拿輕放，防止損傷濾材。
5）更換濾材后對裝配框架全面密封，不能產生漏風現象。
6）對可清洗的濾材在清洗過程中注意不能使濾材變形。一般要有設備濾材，萬一發生濾材損傷應立即更換。