藥品的生產事關人們的生命健康安全，而與藥品質量直接相關的除了原料和設備之外，凈化車間也是非常重要的地方，藥廠凈化車間的凈化空調系統是凈化車間中最重要的設備，凈化空調系統主要擔任空氣凈化的任務，對藥品的質量有直接的影響，藥品生產的現代化潔凈廠房，往往是規模大、面積大、單劑型或多劑型同時生產的大廠房。為保證生產正常運行，防止不同操作間之間相互污染，并節約能源，集中式凈化空調系統不宜太大，宜采用多個凈化空調系統。
下列情況空氣凈化系統宜分開設置:
（1）單向流潔凈室與非單向流潔凈室；
（2）高效凈化空氣系統與中效空氣凈化系統；
（3）產生劇毒有害物質生產場所的凈化空調系統與普通房間凈化空調系統；
（4）回風溫度、濕度很高的凈化空調系統與回風溫度、濕度很低的凈化空調系統；
（5）運行班次和使用時間不同的凈化空調系統；
（6）不同藥物劑型的空氣凈化系統；
（7）對青霉素、激素、抗腫瘤類藥物要設置獨立的空調系統。